所说的都对。朕现在病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够在偏殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。狱词送上后，仍然留在宫不发布。户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上书陈请将海瑞释放。皇帝大怒，命锦衣卫杖责一百，关进诏狱，昼夜用刑审问。过了两个月，嘉靖皇帝死，明穆宗继位，海瑞和何以尚都被释放出狱。
出狱
嘉靖皇帝驾崩，尚未发丧。提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞。海瑞自己怀疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大哭，马上吐出吃着的食物，在吐的时候。旁边和他吃饭的狱卒都搞不懂怎么回事儿，吓的赶紧躲到旁边。之后被释放出狱，官复原职，不久改任兵部。提拔为尚宝丞，调任大理寺。
倍受排挤
万历初年，张居正主持国政，由于海瑞的过分正直，虽然敬仰海瑞，海瑞严峻刚直，外官员多次推荐，最终也不任用。有一次张居正的儿在海瑞的家乡参加科举考试，海瑞听说后立刻给考官送信，告诫他不要造假，果然张居正儿就没有考上，张居正很生气，命令巡按御史考察海瑞。御史到山审察，海瑞杀鸡为黍相招待，房屋居舍冷清简陋，御史叹息而去。回去报告张居正，张居正也是叹息了一阵，原来想惩治海瑞的心也没有了。万历十二年冬天，张居正已死，吏部拟用为左通政，皇帝向来器重海瑞名，给他以前职。明年正月，召为南京右金都御史，在道上改为南京吏部右侍郎，海瑞当时年已七十二岁了。上书言衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，大略说：“陛下励精图治，而治平教化不至的原因，在于对贪官污吏刑罚太轻。诸臣都不能说到其原因，反而借待士有礼的说法，大家交口而其非。待士有礼，而平民百姓则有什么罪呢？”因而举明太祖刑法剥人皮装上草制成皮囊以及洪武三十年定律枉法达八十贯判处绞刑的规定，说现在应当用这样的方法惩治贪污。其他谋划时政，言语极为切实。只有劝皇帝用暴虐刑法，当时评议认为是错误的。御史梅鹃柞弹劾海瑞。皇帝虽然认为海瑞言论有过失，然而清楚海瑞的忠诚，为此免去梅鹃柞俸禄。
皇帝屡次要召用海瑞，主持国事的阁臣暗阻止，于是任命为南京右都御史。诸司向来苟且怠慢，海
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