后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。由于新政未能满足武士的要求，而且只重用京都的公卿贵族，故引来武士的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想开幕府，结果足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光严天皇策封他为征夷大将军。是为北朝。
而后醍醐天皇退位后，持着天皇象征的三神器退往大和(今奈良县)的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”
这一场差不多结束为止约持续了六十余年的南北朝内乱，在倭国历史当中大概也能说算的上是最大规模的内乱了。这场内乱并不能说只是单纯的规模之大，就象这个时代中同一时期使用三个不同的年号所显示的那样，从三个不同的政权，或是国家在日本国列岛内出现的事实来看，便能看到这场内乱的深刻程度。
首先，新田义贞军为追讨在关东的足利尊氏、直义而从京都东下，被足利军在箱根竹下击败，足利军并尾追败走的新田军大举上京。之后，北畠显家又受后醍醐天皇的援军之命，从东北出发尾追足利军。对于这些兵马的人数，《太平记》等对每一支队伍都记称有数万人之多，这虽多少有些夸张，但这正是相起比源平争乱时代来说规模明显更大的大军。
以义贞败退，足利尊氏、直义尾追不舍，显家尾随在后的形式，以京都为目标沿东海道滚滚进军的一幅情景。而且，进入京都的足利尊氏，在此战败之后从兵库坐船逃向九州，在九州重整旗鼓，又一次大举杀向京都，正因此举使得建武政府瓦解，显家所部一度返回后又从东北西上。不管怎么说，这样大量兵力移动的例子，在倭国的历史中是极其少见的。
倭国南北朝的内乱当然不仅是南朝和北朝两个朝廷的斗争。其实质乃是以幕府为代表的武家同天皇为代表的公家之间的权利争夺。
经过多次攻防后，南朝的势力衰退。洪武二十五年，第三代将军足利义满逼降南朝，后龟山天皇把三神器（为天照大神所传八尺镜、琼曲玉、天业云剑）交给北朝的天皇，结束了南北朝时代。
南北朝统一之后，后龟山居住在大觉寺里，时人称之为“大觉寺殿”或“南主”，享受室町幕府的优待。明德五年二月四日初次同足利义满在天龙寺会面，结果同月二十三日接受了“不登极帝”和“太上天皇”的尊号。在此之前，北朝的光明天皇曾向南朝的后醍醐天皇上“太上天皇”的尊号，因此这仅仅是幕府让
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