崇祯下令逮捕袁崇焕之后，并没有要将他置于死地的意思，辽东总兵祖大寿、守备何可纲闻袁崇焕被抓拥众出走山海关，让崇祯皇帝十分震怒惊恐，怎么武将都是薛云那样的骄横悍将，崇祯皇帝对袁崇焕起了杀机。阿甘
袁崇焕下狱后的第五天，御史高捷即疏劾：“钱龙锡与袁崇焕相倚，钱龙锡是袁崇焕“诡计阴谋发纵指示”者，是祖大寿敢于率兵出走“挑激之妙手””。
钱龙锡一疏再疏申辩：“崇焕初在城外，阁中传奉圣谕、往来书札，多从城头上下，崇焕既拿之后，孰敢私通？祖大寿两重严城，谁能飞越，施挑激之妙手？”言高捷话有很多不实诬陷之词。
但高捷继续弹劾弹劾道：“袁崇焕罪案已明，臣不必言。独钱龙锡，不胜伤心之痛。前逮袁崇焕时，大寿口不称冤，后即飚去，此非崇焕、龙锡排激之哉?崇焕之杀毛文龙也，龙锡密语手书：钱龙锡曾说过，‘用之则用，不用则去之’等语。又，崇焕与王洽书，言建虏欲求和，庙堂之上，已有人持此主张，主张之人，非龙锡而何?因此，毛文龙之死，足乃崇焕效提刀之力，龙锡发推刃之得也。皇上逮崇焕时，崇焕口不称冤，龙锡皱眉疾首，不胜伤心之痛……。”
锦衣卫查出袁崇焕私下跟建虏议和书简十封，当锦衣卫掌印官刘侨以斩帅、议和二事审问袁崇焕时，袁崇焕把“斩帅”、“议和”二事的责任全由自己承担，不牵涉大学士钱龙锡和兵部尚书王洽，大明一朝天子守国门，袁崇焕私下议和已是罪在不赦。
其后崇祯皇帝让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使抚慰祖大寿、何可纲等，祖大寿等辽东军请立功赎袁崇焕之罪，崇祯皇帝许之，祖大寿便率辽东军又回到了关内，不过崇祯对袁崇焕的威势以不能再忍，只是对祖大寿、何可纲、吴襄等虚于应付，待北京城平安后，随时准备置袁崇焕于死地。
这段时间崇祯皇帝基本上没有得到过什么好消息，王承恩的话不幸言中，京营总兵王朴没有能够接手大同勤王军的兵权，而且大同军几路人马都没有奉旨，随后大同军从昌平消失，把王朴那一千人孤零零的留在了昌平城，崇祯皇帝大骂王朴无能废物。
还没有等崇祯皇帝把脾气出够，在天下勤王兵马中，除宣府勤王大败不成气候，保定、河南、山东还远在北直隶南部，而山西巡抚耿如杞与总兵张鸿功率五千人赴援。军队曾有令曰：“卒至之明日，汛地既定而后给饷。”山西援兵既至，今日令守通州，明日调昌平，后日又调良乡，驻地累更，三日没有给军饷，
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