主要矛盾之一，为了迁都的事儿，大明死了一个太子，两个皇帝。
一个太子是朱标，从历史的总体脉络来看，朱标南巡回来之後就暴疾而亡，而朱元璋立刻发动了堪称恐怖的清洗，而後就是爆发的南北榜大案，这些事儿，都是因为迁都引发的矛盾。
死掉的第一个皇帝，是朱允效，虽然大明官文将其称之为建文君，但他是朱元璋钦定传位之人，皇帝就是皇帝，而朱允效在是否迁都的重大问题上，选择了妥协，偏向了江南士大夫这一阶级，最终导致了靖难之役的爆发。
死掉的第二个皇帝，是仁宗朱高炽，朱高炽的身体不好，当时朝廷付出了巨大代价迁都北衙，朝中依旧对迁回南京念念不忘，当朱高炽派出了太子朱瞻基前往南京，并且将北衙改名行在之後，立刻暴疾而亡。有些人天生就在罗马，有些人一辈子都是骡马，首都之争，在大明初年是非常激烈的。
事实上，南北之争，一直到万历二十五年都没有明确的解决办法，直到如意楼案爆发，皇帝以绝大的勇气，将南衙降级为了省会，才算是为这个矛盾，画上了一个逗号。
南京六部，从来都不是失意官员的养老之地，也非变相贬谪之地，相反，南京在万历二十五年降级之前，一直保有巨大的权力。
有一本志书名叫《後湖志》，後湖就是南京玄武湖，南京户部所在，而後湖库存放着大明所有的黄册和鱼鳞册，截止万历二十五年降级之前，後湖存放了大约179万本赋役黄册、鱼鳞册。
在弘治年间，後湖发生了一次大火，鱼鳞册离奇地烧毁了一次，而这次大火，也仅仅查拿黄册监生四人，吏员七人，也是那次大火後，大明登记在册的纳赋田土直接锐减了一半之多，一直到张居正清丈，才算是有了恢复。
除此之外，南京户部还有一项职能，天下的盐引勘合。
各地盐运使司、盐课提举司行盐、商贾兑盐、盐窝产盐等等用的盐引，全都由南京户部负责印刷盐引、用印钤盖，然後发给各司使用。
而南京兵部，负责山东、河南以南所有官船、水马驿站的管理，另有49个卫所的军事调度的权力；工部则负责南京城墙、南京皇城、各部司衙门、陵庙坛寺的修缮，比如明孝陵、盱眙明祖陵、凤阳明皇陵的葺缮，都是南京工部负责；
而南京吏部更是不得了，在张居正摄政之前，凡南京大小衙门，升转、丁忧、事故等项官员，作缺到部，类谘吏部，南京吏部拥有南衙十四府官吏升转迁贬的独立人事权。
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