朱翊钧认为，这件案子里，他这个皇帝也有责任，他对海防巡检司的制度设计不完善。
过去，整个海防巡检司，过度依赖个人的忠诚和道德，过度强调个人的奉献和牺牲，过度崇信道德的力量，而忽略了制度建设的必要性。
大明本身的纠错系统，对海防巡检司失效了。
事实上，这类朝廷新开设的衙司，因为皇帝的圣眷、朝廷倾注了大量的资源，在地方十分强势，而且因为对皇帝本人负责，有一种类似於「无法选中』的特权，对这些衙司进行弹劾，要接受圣怒的考验。类似的强势衙司，还有稽税院和反腐司。
邱三顺的案子，就是这种典型，松江府地面，不是对这个案子一无所知，连松江府衙，都有三房被腐化，这种规模之下，松江府有意识到问题，但是无法选中的情况下，纠错就无从谈起了。
朱翊钧意识到了问题，并且积极改正。
人人过关是对海防巡检的摸底式大规模纠错，越来越多海防巡检司枉法的案子，呈送到了御前，和邱三顺案几乎一样严重的案子，就有足足三起，福州府月港、广州府电白港、吕宋马尼拉港的数个巡检司，都存在类似的窝案。
这种被背叛的滋味并不好受，王家屏、沈鲤、侯於赵都进宫劝了几次，效果并不是很好，因为陛下说自己很好，然後刻意避开这个话题。
陛下是个很简单的人，总是把心情写在了脸上，陛下并不好。
陛下很率直，好恶总是十分的分明，这种刻意的回避，让大臣们十分的担忧。
大臣们都很急，陛下不谈就是在心里拧疙瘩，这个疙瘩拧死了，就再没人能解得开了。
王家屏觉得大臣们劝不了，就找到了戚继光，作为帝师，戚帅应该有些办法，但戚继光闭门谢客，没有答应大臣们的请求。
因为这事儿，只能陛下想明白，谁劝都没用。
戚继光年纪大了，他想问题的角度和大臣完全不同，英明的大明皇帝，必须要面对这样的局面，有人会离世，有人会走散，甚至走到最後，很有可能要孤柱擎天。
这是个必然的过程，太祖高皇帝面对过，成祖文皇帝也面对过，过去的袍泽、亲朋相继离世，朝堂之中的大臣都是知面不知心。各怀鬼胎，国事稳定但暗流涌动，却没有一个贴心人可以商议。
皇帝做着做着，一定会变成一个真正的孤家真人。
万历二十五年六月十三日，朱翊钧突然下旨，在午膳之後，召开了廷议。
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