光束击中、舰体外壳被洞穿一个个小孔时，所处舱室会自动快速封闭隔离，防止殃及相邻舱室。舱室内的战舰乘员会得到与座位一体的救生舱的有效保护。
几乎与此同时，战舰外壳上安装的智能滑动门会自动移动到受伤外壳处，从战舰外部迅速封闭破损部位。战舰外层舱室携带的气雾状凝胶高压罐也会即刻启动，由负责一定范围封堵工作的移动式智能喷头，把极高密度气雾状凝胶高速喷射到破损孔洞处。密不透气的极高密度气雾状凝胶会飞快地凝固，从舰体内部封堵住破损口。
最后，战舰外壳复合式夹层中储存的流动液体太空合金会很快汇聚到破口处。这种智能液态太空合金会在接触到真空环境后自动快速凝结，在破损处形成新的外壳。
假如这三种封堵修复手段都失效，受损舱室则会很快变成真空状态。当舱室内的环境监控设备根据监测数据指标，判断本舱室已经不适宜战舰乘员生存时，会自动向战舰管理主光脑发出求救讯息，同时提示本舱室内乘员弹射逃生。
这时要由舱室内乘员自主决定，自己是留在损坏舱室的救生舱内，等待战斗结束后其他舱室的战友前来救援；还是向弹射救生舱发出弹射指令，弹射脱离本战舰，在太空中等候搜救飞船和友舰的救援。
也正是由于战舰的防护手段有了新的进步，第三代太空战舰进攻武器也相应发生了改变。由于高能量电磁炮塔需要部件众多、体积十分笨重庞大，很难进一步缩减电磁炮的体积，占据了大量宝贵的舰内空间；而且电磁炮的射程在超过了五百万公里之后，由于太空引力的影响，特种合金炮弹的直线弹道会出现轻微的偏差，可谓是失之毫厘，谬以千里，对于超远程目标的命中率大幅度下降。
更重要的是，电磁炮弹的飞行速度虽然超过了光速的百分之二，达到了惊人的水平，但在经过了超过五百万公里的遥远飞行之后，就出现了一个瞄准目标射击后十几分钟的时间差，这样要准确命中距离非常遥远、并且飞行速度极快的太空战舰和飞艇，其难度可想而知。即使是性能强大的火控光脑能够模拟攻击目标的多种可能飞行轨迹，并逐一计算出射击提前量，还采用了多管发射的“金属风暴”技术，然而要准确击中快如闪电的攻击目标，依然是希望渺茫。
为了提高这种威力巨大的重型武器在五百万公里之外的超远程射击命中率，在几十年的时间里，各国众多的军工企业投入了大量的人力、物力、财力，有些最优秀的军工专家为此耗尽了毕生的精力，但终究难以取得令人满
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