联邦航空管理局（FAA）波士顿空中交通控制中心发布命令，暂停其管辖区内所有飞机的起飞（新英格兰与纽约州东部）。
上午9时06分：美国联邦航空管理局（FAA）禁止任何飞机进入纽约以及附近的波士顿、克利夫兰与华盛顿领空。
上午9时08分：美国联邦航空管理局（FAA）禁止全美国所有飞往或经过纽约领空的飞机起飞。
上午9时21分：纽约市全部隧道及大桥关闭。
上午9时24分：正在佛罗里达州一所小学教室参观的美国总统乔治·布什接到第二架飞机撞击世贸大楼的消息。
他在该堂课结束后立即在学校的另一个教室发布了一段简短的讲话称，美国正遭到*袭击，美国政府将对飞机失事原因展开全面调查。另外他称事件是“国家的悲剧”。
上午9时26分：美国联邦航空管理局（FAA）宣布禁止全国所有民航班机起飞。
五角大楼
上午9时37分：美国航空公司77次航班（波音757）撞入五角大楼西翼并且引起大火。被袭击的部分刚刚翻新过，还没有完全投入使用，但是仍然造成五角大厦西翼百余人丧命。
上午9时45分：美国关闭其领空，禁止任何民航班机起飞，所有在飞行的班机必须立即在距离最近的机场降落，所有飞往美国的航班即刻改飞加拿大。
之后，FAA宣布禁飞令至少会持续到2001年9月12日午后。禁飞令最终持续到2001年9月14日，此其间只有军事及救援飞机被允许起飞。这次是美国历史上第四次停止所有在美商业航班的运作，并且是唯一一次未经计划的紧急措施。在此之前都因国防需要而停飞所有飞机。
上午9时45分：白宫与美国国会山关闭，周围地段戒严。
上午9时50分：美联社报导美国航空公司11次航班事实上在起飞后就被劫持。一个小时内美国航空公司11次航班与联合航空175次航班被劫持的消息得到确认。
上午9时57分：总统布什离开佛罗里达州。
上午9时59分04秒：世界贸易中心南楼倒塌。通过电视台的现场直播，全球亿万观众目睹了大楼的坍塌。
上午10时03分：美国联合航空公司93号航班（波音757）在宾夕法尼亚州尚克斯维尔东南部地区坠毁，后来的进一步调查显示机上无人生还。估计*袭击的地点是美国白宫后国会大厦。
上午10时10
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