残存的智人力量被迫放弃了所有大陆据点，进行了悲壮的「大迁徙」，乘坐所有能浮在海上的船只，远航至传说中的、位於狂暴大洋深处的亚特兰蒂斯洲，并在那里找到了最後的栖息之地。
古代兵器时代，以智人战略上的彻底失败，退守孤洲而告终。
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灯灵们：「这太不可思议了，在绝大多数文明的发展史，一般其文明起源地只会出现一个文明，像尼人和智人这种的共生人属文明的状况，是少数。」
上帝：「这和最初地球的选址有关系，本不应该选择如此大的行星，但当时确实没有更好的选择了。」
三、蛰伏与变革（距今约一万年前）
退守亚特兰蒂斯後，智人文明经历了最黑暗的时期。但他们顽强的生命力在.
此刻展现。在相对封闭的环境中，他们摒弃了过往城邦间的纷争，形成了一个统一的亚特兰蒂斯联合议会，进入了高度集权和技术驱动的战时体制。
他们利用亚特兰蒂斯洲丰富的海洋和矿产资源，大力发展深海采集和冶炼技术。同时，他们对知识的重视达到了顶峰，建立了庞大的图书馆和研究院，系统性地研究数学、物理、化学，为下一次技术革命积蓄力量。
而占据整个大陆的尼人，在失去外部威胁後，其军国主义体制内部开始滋生腐败和僵化。各个军事贵族集团为争夺权力和领地内战不休，科技发展陷入停滞，他们满足於冷兵器时代的荣光，认为智人已不足为虑。
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灯灵们：「技术是致人最後反败为胜的机会了。」
上帝：「但上帝」并没有眷顾他们。
四、工业革命（距今一万五千年前）
第一次工业革命的曙光，意外地首先在海底的亚特兰蒂斯点亮，智人为了在深海高压环境下生存，对蒸汽机、金属密封和压力控制技术有着迫切需求。他们率先实现了蒸汽动力的实用化，并很快将其应用於工业生产和新式军舰的建造。
当第一支智人的蒸汽铁甲舰队出现在尼人海岸线，用重炮轰击他们的沿海城市时，尼人震惊了。他们赖以自豪的巨石要塞在重炮面前不堪一击。尼人被迫仓促应战，开始模仿智人的技术，但始终慢了一步。
第二次工业革命时期，双方的差距进一步拉大。智人科学家发现了电磁感应的奥秘，并基於星球独特的大气环境，研发出了划时代的大气闪电武器。这种能够召唤天雷的武器，在初期给予了尼人毁灭性的打击。
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